Pisa non soltanto la città della Torre e di "Piazza dei Miracoli" ma anche la città delle "Navi antiche".
Il Museo delle navi natiche di Pisa, temporaneamente collocato all'interno degli Arsenali Medicei ed in attesa di una nuova sistemazione.
Nel 1998 in occasione di alcuni lavori per la stazione di Pisa S. Rossore, posto in cui le Ferrovie avrebbero voluto costruire un centro di controllo della linea tirrenica, sono stati rinvenuti reperti archeologici identificati poi con antiche navi affondate a causa di ripetute alluvioni in quello che era l'incrocio di un canale della centuriazione pisana con il fiume Serchio.
Dal 1999-2000 quando ci si accorti di quello che stava venendo fuori dallo scavo di Pisa San Rossore, a circa 500 metri in linea d'aria dalla Torre, un ritrovamento che non ha confronti nella storia dell'archeologia navale (e forse dell'archeologia, dentro e fuori Italia), qualcosa che capita una volta al secolo.
Circa 30 navi databili tra il III secolo a.C. ed il VII d.C. con i loro carichi di gioielli ed utensili vari, anfore, monete. 10.650 metri quadrati (3.500 di scavo vero e proprio; 1.700 di laboratori e centro restauro) che i visitatori possono attraversare con un percorso guidato.
Nel 2000 in attesa dell'allestimento di un vero e proprio museo negli Arsenali Medicei fu aperta al pubblico una mostra permanente sulle navi di epoca romana ritrovate nel luogo dove si trovava l'antico porto della città.
L'accesso al museo e a tutti i suoi ambienti possibile anche a disabili e persone anziane che hanno un deficit motorio. Tutte le barriere architettoniche presenti sono state abbattute grazie all'installazione di montascale mobili, azionati dal personale del Museo e disponibili principalmente nella versione a Pedana per garantirne l'utilizzo anche in carrozzina.
stato allestito un cantiere con percorsi attrezzati per renderlo visitabile anche durante il normale svolgimento dei lavori, permettendo cos di osservare le attività di scavo, restauro e studio in corso, e l'annesso Centro di restauro del Legno Bagnato, dove vengono restaurati e conservati i molti reperti, anche organici, recuperati a bordo delle navi. L'unico laboratorio in Europa per il trattamento ed il restauro del legno bagnato.
Dal 15 dicembre 2005 assicurata al pubblico la possibilità di poter seguire, mediante visite guidate, lo svolgimento delle operazioni durante le varie fasi.
Nel 2004 iniziata una seconda campagna di scavi, nella cosiddetta area 4, durante la quale si scoperta un'ulteriore imbarcazione, la cosiddetta Nave c-Alkedo, e si potuto condurre analisi stratigrafiche accurate che hanno permesso una datazione migliore del reperto e del sito stesso.
Le imbarcazioni, tra navi da trasporto e barche fluviali, sono perfettamente conservate grazie alla particolare situazione di completa mancanza di ossigeno e la presenza di falde sotterranee.
Si recuperato buona parte del carico di queste navi contenuto in anfore e vasi, dagli studi approfonditi si potuti risalire anche a valide ipotesi sull'area di provenienza delle navi che sarebbero giunte da varie parti del Mediterraneo: Gallia, Campania, Adriatico.
Una scoperta eccezionale che viene quasi assimilata a Pompei in versione marittima, le imbarcazioni sono in corso di restauro, il Centro di Restauro del Legno Bagnato.
Il cantiere delle navi antiche e il centro di restauro di Legno Bagnato ospitano studenti e tirocinanti in Archeologia e Restauro da tutto il mondo.
Il Laboratorio di Cultura Digitale ha realizzato in collaborazione con il Centre for Computing in the Humanities del Kings College di Londra (CCH), e in particolare con il Kings Visualization Lab, la ricostruzione 3D delle navi romane.
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