Nell' evoluzione delle scienze botaniche la sede universitaria pisana ha svolto un ruolo importante: nell'ateneo pisano è nata nel secolo XVI, ad opera di Luca Ghini (1490-1556) fondatore dell’Orto Botanico, l’usanza di seccare e conservare le piante per scopo didattico e scientifico, sostituendo parzialmente la più antica tradizione del disegno umanistico.
Il Museo oggi conserva materiali e collezioni di vegetali relativi alla ricerca svolta dagli studiosi nel corso dei secoli. Fra le collezioni assume particolare rilevanza l’erbario che conta circa 300.000 campioni. Si tratta di una raccolta di piante che sono state essiccate, fermate su fogli di carta e corredate da varie notizie che riguardano luoghi, date e raccoglitori dei reperti. I fogli ordinati secondo criteri adeguati rappresentano la testimonianza di viaggi, erborizzazioni, ricerche ed esplorazioni che hanno permesso di conoscere la flora dei vari territori della Terra e di scoprire nuove entità vegetali.
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